1、办公室
协助局领导组织协调局机关工作；承担文电处理、档案管理、政务信息、机要保密、重要工作协调督查、重要会议组织及纪要、对外接待等工作；负责本辖区环境保护国际活动和涉外环境保护事务的联系和协调；负责局机关及直属单位机构编制、人事管理、劳动工资、干部年度考核工作；负责管理机关财务、后勤保障、安全保卫工作；承担市环境保护委员会办公室日常工作；负责局机关退休干部的管理工作；负责县（市）环保部门领导干部的双重管理事务性工作。

2、监督管理科
按照审批权限负责辖区内一切基本建设项目、技术改造项目和区域开发建设项目，包括涉外项目（中外合资、中外合作、外商独资建设项目）环境影响报告书、环境影响报告表或者环境影响登记表的审批或审查；监督管理建设项目污染防治设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用，组织建设项目环保设施竣工验收；组织建设项目环境影响评价的回顾性评估工作；组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护重大科技攻关和技术示范工程；负责本辖区环境保护系统对外技术交流合作；监督实施环境保护国家标准和地方标准；指导、推动本辖区环境管理体系认证；承担环境标志产品认证初审；指导实施环境保护资质认可制度，并进行监督管理；监督管理本辖区环境保护产业技术市场，指导和推动环境保护产业发展；管理环境监测工作；组织编制全市环境质量报告书；

3、污染控制科
依法组织实施大气、水体、噪声及机动车的污染防治法律法规；组织实施排污申报登记、排污许可证、排污收费、污染源限期治理和达标排放、行政代执行等环境管理制度；推行和指导清洁生产；组织指导环境功能区划；组织和监督实施辖区内重点流域、重点区域污染防治规划和主要江河污染物排放总量计划，指导和协调解决辖区内以及跨县（市）重大环境问题；负责环境监理和环境保护行政稽查；调查处理重大环境污染事故；指导组织城乡环境综合整治；组织协调本辖区履行臭氧层保护等有关国际公约；组织编制来宾市环境保护计划；参与制定本辖区经济社会发展中、长期规划和年度计划；负责全市环境保护统计与信息管理工作；管理系统环境信息网络；拟订并组织实施全市污染物排放总量控制计划和全市跨世纪绿色工程规划；负责辖区内环境保护系统项目（补助）的审核，项目管理及监测网络规划投资建设；负责排污收费的管理和使用的审核监督；组织指导城乡环保基础设施建设的立项申报；负责环境保护对外经济合作交流及环境保护利用外资项目的洽谈和管理。

4、自然保护科
负责监督管理本辖区自然生态保护工作；组织实施国家、自治区有关自然生态保护政策、法规和规章；组织编制全市自然保护区区划、规划；提出新建的各类自治区级、地区级自然保护区以及申报建立地区级以上自然保护区的审批建议；监督管理辖区内各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、石漠化防治工作；参与土地利用规划、旅游发展规划等规划审核；监督辖区内生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作；监督管理畜禽规模养殖的环境保护工作；负责农村生态环境保护；指导辖区内各级生态示范区建设和生态农业建设；管理本辖区生物技术环境和使用农药、化肥的环境安全；负责组织、协调本辖区履行生物多样性保护、湿地保护等国际公约的工作；组织调处重大生态破坏事件。

5、法规宣教科
承担环境保护政策法规调研工作，草拟有关环境保护政策和法规、规章草案；对有关部门草拟的与环境保护有关的法规草案提出修改意见；负责办理人大建议和政协提案；组织、指导本辖区行政处罚、行政复议和应诉工作；组织开展对辖区内各地方、各部门贯彻执行国家和地方环境保护法律、法规的执法检查；负责环境信访和公众举报接待工作；负责重大环境污染事故和县（市）环境污染纠纷情况通报、联络工作；参与组织和实施环境保护目标责任制工作和城市环境综合整治定量考核工作；规划、组织全市环保系统在职人员岗位培训和继续教育；拟定和组织实施全市环境保护宣传教育计划；协同有关部门开展环境教育工作。

6、核辐射与固体废弃物监督管理科
负责对放射源的生产、进出口、销售、使用、运输、贮存和废弃处置安全的统一监管；组织实施放射源登记管理工作；负责核发放射源安全许可证，并通报同级公安部门；负责对放射源等核应用技术、伴生放射性矿物质资源开发利用和电磁辐射设施等进行日常监督检查；负责放射源的生产、销售、使用、贮存和废弃处置领域从事辐射安全关键岗位工作的专业技术人员的资格管理；负责放射性污染事故的应急、调查处理工作；协助公安部门监控追缴丢失、被盗的放射源；组织开展放射源安全技术科学研究；组织实施固体废物、放射性物质、电磁辐射的污染防治工作；对固体废物产生、收运和处理单位进行现场监督检查，对危险物的产生、收运、处理处置过程的管理实施监督；参与有毒化学品准运工作；承办可用作原料的废物进口许可审查工作；负责对获得危险废弃物经营许可证的法人、上岗人员进行上岗培训、考核。